Jeśli dysponuje się odpowiednią wiedzą i zapleczem technicznym to wybór oprogramowania staje się jeszcze mocniej skomplikowany przez dużą różnorodność dostępnych skryptów. Zaliczyć należy do nich darmowe aplikacje open source, komercyjne oprogramowanie „pudełkowe”, jak Shoper lub oscGold oraz tworzone na zamówienie i dostosowane do indywidualnych oczekiwań sklepy internetowe. Wszystkie z nich charakteryzuje nieograniczony dostęp do plików i baz danych, co jest ważną zaletą, jakiej pozbawione są rozwiązania hostowane. Dodatkowo posiadając dostęp do niezaciemnionego źródła oprogramowania sklepu internetowego można go udoskonalać oraz wyposażać w dodatkowe możliwości, jeżeli licencja aplikacji na to zezwala.

W trakcie selekcji oprogramowania sklepu online dość istotna jest jego koszt. Dużą grupę skryptów sklepów online stanowi soft open source. W przypadku bardziej ograniczonego budżetu to najchętniej stosowane rozwiązanie. Warto mieć na uwadze, iż brak płatności za software nie oznacza, iż wdrożenie całego sklepu internetowego jest pozbawione wydatków. Może się wszak okazać, co często się zdarza, że zainstalowanie i administracja sklepu internetowego na bezpłatnej aplikacji open source jest niejednokrotnie droższe niż płatne rozwiązanie „pudełkowe”. Dodatkowo odpłatność za aplikację wcale nie zapewnia większych możliwości oraz szybszego działania.

Spośród oprogramowania dostępnego za friko w chwili obecnej uwagę trzeba zwrócić na OpenCart, PrestaShop i Magento. Być może już niebawem darmowe oprogramowanie sklepu internetowego Gekosale skusi przedsiębiorców chcących prowadzić sklep w sieci. Warto jednak nie przesądzać o przyszłości Gekosale, gdyż system jest dość świeży, wciąż tworzony oraz średnio rozpoznawalny.